明朝时期倭寇纵横的现象和朱元璋之间有很大的关联，朱元璋在位期间，日本国内正处于巨大变革时期，各国纷争，战乱不断，正是一举攻下日本的好时期，但是朱元璋却遵循“不征之国”的原则，没有去攻打日本，这为之后日本浪人不断骚扰我国东南沿海地区埋下了伏笔。
其次，朝贡贸易的停止使日本失去了一个重要的经济来源，而日本国内的战争导致社会动荡，极其需要资金支持，于是他们便把目光转向了我国的商船。
再者，除了我国的内部原因之外，还有很多外部原因。当时日本处于南北朝的动乱状态，倭寇活动也因为缺少政府管制而加剧。明朝初期，曾经派兵讨伐过倭寇，将讨伐倭寇有功的南朝将军授予“日本国王”的称号，但是倭寇现象一直没有被根除。
倭寇盛行的内部原因
（一）明朝不征之国的设立
明国在建国初期，过去元朝的藩属国纷纷前来朝拜，明朝政府认为，这些国家还像过去对待元朝那样尊敬明朝，于是大明王朝就顺利地接管了元朝时期的藩属体系。但其实此时的日本对待大明王朝的态度早已不像过去那样恭顺。
早在宋朝末年，日本就一改往日对于中原王朝的推崇态度，元朝时上千个国家都臣服于中原王朝，但只有日本倔强不臣，当时的明朝使者，曾出口戏耍日本被天皇杀害。
白江口之战示意图并且，日本本身的民族精神就是“只臣服于强者”，唐朝时期曾击败倭寇和百济联军，让倭寇几百年都不敢去扰乱中原王朝，这才有了我国对于唐朝和宋朝的尊敬，但是明朝却将日本列为不征之国，这在日本看来不过是明朝的一种自欺欺人，毫无震慑力。
那么明朝为什么不去讨伐日本呢，首先明朝的统一浪费了大量的社会财富，并且元朝时期忽必烈远征日本给了明朝前车之鉴。当然这并不是说，明朝的军队战斗力不强，当时明朝在长期的战争下已经练就出了一批“虎狼之师”，江南水军也极其发达，攻打日本也不算没有胜算，不过明太祖却认为日本、李朝这些地区物产贫乏，就算成功征战也无法弥补战争所损耗的财富，于是将其列入“不征之国”。
（二）断绝朝贡贸易
明朝在对外政策上实行“海禁”政策，所以在针对国外贸易上基本实行的是朝贡贸易，过去唐朝时期的丝绸之路在明朝时严重衰败，各国在与大明王朝的贸易中更加依赖于海路，由此可见这个时期海上运输商品的金额之大。
后期由于“胡惟庸案”暴露出通倭叛国的状况，朱元璋中断了与日本之间的朝贡贸易。
在当时日本在与中原的贸易中所取得的收益，要远远大于本国农业生产所取得的财富。失去朝贡贸易特权的日本，不能再像过去那样取中原获取必要的物品和财富，这客观上推动了倭寇的出现。
（三）“海禁”政策的实施
元朝末年，除了朱元璋之外还有张士诚，方国珍等几个割据政权，盘踞在西南沿海一带的张士诚和方国珍通过政权获得了国外商业贸易集团的支持，战争结束之后他们的残部撤到了海外，有与倭寇合流的趋势，为了消除这个隐患，朱元璋实行“海禁”政策，禁止沿岸百姓私自出海。
这个政策对当时沿海居民来说影响极其深远，从宋朝开始，中原王朝的海外贸易就已经极其发达，海外贸易的赋税支撑了元朝时期经济的繁荣，所以明朝时的海禁政策，不仅对于沿岸经济发展有极大的影响，对于本身的财政状况也有极其不利的影响。从此之后明朝的赋税要完全依靠于农业税收，这也让明朝政府常常处于捉襟见肘的状态中。
日本国内，对于中国丝绸，瓷器，茶叶等商品的需求量极大，在废除日本朝贡易之前，日本国内常常会为争夺与明朝的贸易权力大打出手，此时这种贸易渠道被关闭了，自然催生了倭寇的产生和发展。这一政策虽然在建国初期暂时压制了沿海倭寇的扰乱，但也导致了中后期倭寇的屡屡犯境。
（四）国内阶级矛盾激化
随着封建朝代的演进，土地兼并现象越来越严重，大批农民濒临破产，国内阶级矛盾激化，在这种状况下很多农民发动了起义，那些沿海的农民，为了谋求财富，纷纷加入了倭寇的队伍，壮大了倭寇力量。
（五）明朝海防力量的渐渐衰弱
到了明朝中后期，由于政治的腐化军队也渐渐衰败起来，为了减少财政开支，政府加大了军队裁员，但是由于封建官僚体制的衰败，留下的却是老弱病残，并且人员数量十分不足。
除了士兵之外，武器储备也严重不足，海防力量最重要的装备就是战船了，当时国家战船数量严重不足，所拥有的战船也往往破损严重，在这种缺乏战船的情况下，怎能与倭寇交战抗衡呢？在这种海防力量松懈的情况下，倭寇势力越来越肆无忌惮。
倭寇入犯形势图（六）统治者的原因
不仅是朱元璋，其他统治者也有很多原因。尤其是明朝中后期出现的皇帝，大多都很昏庸，他们在面对倭寇现象时没有采取有力的措施去阻止，反而导致了倭寇更加严重。
当时的朝堂一片混乱，官僚们公开与倭寇勾结助长了倭寇的嚣张气焰，很多被朝廷派往东南沿海地区去抗击倭寇的官员他们不想方设法打击倭寇就算了，甚至还将朝廷拨给战争的军需占为己用，当时的督察尚书赵文华，一个人就侵占了10万多件的军需。
倭寇盛行的外部原因
（一）明朝前期的倭寇运动
外来倭寇最主要的来源就是日本，他们是前期倭寇的最主要成员。元朝时期他们主要攻击的是元朝的属国高丽，忽必烈两次进攻日本的军事活动中，曾经在5个列岛上对当地的居民进行屠杀，因此前期倭寇大多出身于这5个岛，他们对于李朝沿岸所进行的扰乱是报复式的海盗行为，一方面是为了掠夺财富，另一方面是为了夺回过去被俘的岛民。明成祖发动叛乱夺取政权，迁都北京之后，东南沿海地区开始更频繁地遭遇倭寇的侵扰。
（二）日本国内战乱的要求
在15世纪后期到16世纪，日本正处于社会巨大变革时期，这一时期日本国内各国纷争战争不断，由于战争各藩国纷纷加大了对人民的剥削，这导致了大量农民破产。与此同时，新型封建力量迅速崛起，发展迅速，为了弥补战争所带来的财力消耗，他们要求发展海外贸易。
可是与明朝朝贡贸易所带来的商品数量极其有限，并且价格很高，所以他们就开始支持那些商人，武士在中国沿海地区进行抢劫，很快那些失去土地的农民纷纷加入了海盗队伍，他们勾结中国奸民，很快就形成了系统性的抢劫集团。
明朝倭寇横行，朱元璋自然要承担很大一部分的原因，但根本原因还是封建小农经济下的中央集权统治，在这种统治下，朝廷认为国家应以政治为本认为贸易是劳民伤财的，所以才限制贸易，在当时的统治者看来，国家只不过是一个大农庄，而皇帝就是最大的地主。除此之外，日本国内的社会发展所引发的社会矛盾，也是不断侵扰我国的重要原因。